اداره‌كل امور دانشجويان شاهد و ايثارگر سازمان امور دانشجويان يكي از ادارات كل معاونت دانشجويان داخل مي‌باشد كه سياستگذاري، برنامه ريزي، سازماندهي، هماهنگي و نظارت بر فعاليت هاي آموزشي، پژوهشي، فرهنگي و رفاهي دانشجويان معزز شاهد و ايثارگر دانشگاه‌ها و مؤسسات آموزش‌عالي سراسر كشور در جهت توانمندسازي، عزت‌مندي و هويت‌مداري اين عزيزان عهده‌دار بوده و جهت تحقق اين اهداف برنامه‌هاي متعددي را در طول سال‌هاي گذشته در دستور كار خود قرار داده است.
از سال 1364 معاونت های جنگ و پشتيبانی كه بعدها به نام معاونت دفاعی در دانشگاه ها تغيير نام پيدا كرد زير نظر رئيس دانشگاه تشكيل شد. عمده فعاليت اين معاونت، سازماندهی و اعزام دانشجويان داوطلب به جبهه و همچنين رسيدگی به مسائل آموزشی و غير آموزشی دانشجويان تحت پوشش بود.
در سال 1370 در شورای عالی انقلاب فرهنگی بحث جايگزينی ادارات كل امور دانشجويان شاهد و ايثارگر به جای پست معاونت دفاعی مطرح شد كه بر اساس مصوبه 274 مورخ 1370/12/20 در شورای عالی انقلاب فرهنگی ايجاد اداره كل دانشجويان شاهد و ايثارگر در دانشگاه ها زير نظر رئيس دانشگاه تصويب شد.
لازم به توضيح است كه قبلاً در كنار اداره معاونت دفاعی، ستادی به نام ستاد شاهد وجود داشت كه مسئوليت رسيدگی به امور فرزندان شاهد را بر عهده داشت كه بر اساس مصوبه مذكور با معاونت دفاعی ادغام شد و اداره كل امور دانشجويان شاهد و ايثارگر جايگزين گرديد.